Mais en septembre la Cour des comptes avait dressé un bilan sévère, estimant les coûts du SNU entre 3,5 et 5 milliards d'euros par an. De quoi se voir qualifier par le député écologiste Jean-Claude Raux et le socialiste Pierrick Courbon de "gadget présidentiel" qui "ne marche pas" et "coûte cher" ou encore d'"hérésie budgétaire" qui a "raté sa cible".